В типовом контракте отсутствует условие о том, что Заказчик вправе производить оплату по контракту за вычетом неустойки

Типовые контракты имеют постоянную и переменную части. Изменять постоянную часть типовых контарктов нельзя, это может быть квалифицировано как административное правонарушение по ч.4.2. ст.7.30 КоАП РФ. Но в некоторых типовых контрактах есть приложения, например, тех.задание, которые разрабатываются непосредственно заказчиком. Можно попытаться внести те нормы, которых нет в типовом контракте в какое-то из приложений, например, в техзадание.