Заказчик заключил и разместил на ЕИС дополнительное соглашение на увеличение цены

Да, полагаю, что это возможно. Отмена соглашения об увеличении количества товаров на основании пп. “б” п.1 ч.1 ст.95 Закона №44-ФЗ не предусмотрена Законом №44-ФЗ. Но нормы Закона №44-ФЗ являются специальными по отношению к общим нормам гражданского законодательства, в связи с чем пользуются приоритетом. Об этом указано в Определении Конституционного Суда РФ от 05.10.2000 N 199-О, ответе на вопрос N 81 приложения к письму Минэкономразвития России от 30.09.2014 N Д28И-1889. Таким образом, положения ГК РФ (в том числе, например, закрепленные ст.421 ГК РФ положения о свободе договора) применяются к отношениям сторон контракта, заключенного в соответствии с Законом N 44-ФЗ, в части, не урегулированной специальными нормами указанного закона. Предметом соглашения сторон (в том числе дополнительного соглашения к договору) является установление, изменение или прекращение гражданских прав и обязанностей. В частности, если это не противоречит закону, стороны договора вправе своим соглашением аннулировать ранее достигнутую договоренность об изменении условий договора, в том числе и контракта, заключенного в соответствии с Законом N 44-ФЗ. Полагаю, что стороны могут указать в дополнительном соглашении, что, заключая его, они договариваются “о недействительности” ранее заключенного ими на основании пп. “б” п. 1 ч. 1 ст. 95 Закона N 44-ФЗ дополнительного соглашения об изменении количества товара и цены контракта.