Возможно применять в одной закупке приказ 126н и постановление 649?

Да, возможна ситуация, когда эти нормативные акты необходимо применять в одной закупке. Преимущества учреждениям и предприятиям УИС необходимо предоставлять, если наименование продукции входит в Перечень по ПП №649 (Минфин и Минэкономразвития разъясняли, что необходимо руководствоваться не кодами ОКПД, а наименованиями продукции из перечня (см. письмо Минфина от 24.11.2017 № 24-06-01/78878, Минэкономразвития от 15.03.2017 № Д28и-1330).
Приказ №126н предусматривает преференции для участников закупок, предлагающих к поставке товары, указанные в приложении №1 и приложении №2 (для нацпроектов (программ)), происходящие из стран ЕАЭС.