В электронном конкурсе участвовал только один участник, нужно ли согласовывать заключение контракта с контрольным органом?

Нужно, если НМЦК превышает установленный Правительством размер.
В соответствии с п. 4 ч. 5 ст. 93 Закона N 44-ФЗ необходимость согласования зависит только от величины НМЦК. В п. 1 постановления Правительства РФ от 30.06.2020 N 961, установлены в том числе предельные размеры НМЦК, при превышении которых для заключения контракта с единственным поставщиком при наличии надлежащей заявки необходимо согласование с контрольным органом:
– 500 млн руб. – при проведении электронного конкурса, электронного аукциона, закрытой конкурентной закупки для обеспечения федеральных нужд;
– 250 млн руб. – при проведении электронного конкурса, электронного аукциона, закрытой конкурентной закупки для обеспечения нужд субъекта РФ, муниципальных нужд.