необходимо ли направление победителя в реестр недобросовестных?

1) Если участник в установленный срок не подписал контракт, то у него автоматически блокируется такая возможность. В данном случае вы должны следовать требованиям Закона №44-ФЗ и признать такого участника уклонившимся от заключения контракта и подать сведения о нем в ФАС для включения в РНП. В соответствии с частью 6 ст. 51 Закона №44-ФЗ вы должны это сделать в течение одного рабочего дня после установления такого факта. На заседании комиссии ФАС будут рассмотрены все аспекты дела и будет принято решение о включении в РНП или нет, а также возможность заключения с ним контракта.
2) Также если у вас есть 2-ой участник вы должны направить ему проект контракта в течении 2-х рабочих дней с момента размещения протокола об уклонении победителя (часть 1 ст.51 Закона №44-ФЗ). Это параллельный процесс, который вы обязаны осуществить.
3) Вы пишите, что участник все-таки подписал контракт. Ситуация неординарная и законом не регулируется. Думаем, что это технический сбой площадки (участник своевременно подписал контракт, но его направили в ЕИС с запозданием) и вам необходимо обратиться к ним за разъяснением ситуации. В данной ситуации вы можете (выбор за вами): 1) продолжить заключение контракта; 2) направить обращение в ФАС для проведения внеплановой проверки действий оператора ЭП (если вас не устроят их разъяснения) или осуществить действия 1) и 2) одновременно.