По контракту поставщик стал плательщиком НДС, а заключались с ним без НДС

Нет, допсоглашение лучше не заключать. Согласно ч. 2 ст. 34 Закона N 44-ФЗ при заключении и исполнении контракта изменение его условий не допускается, за исключением случаев, предусмотренных ст.ст. 34 и 95 Закона N 44-ФЗ. В указанных статьях отсутствует возможность изменения контракта по данному основанию. Изменение условий контракта в случаях, не предусмотренных Законом N 44-ФЗ, может быть квалифицировано как административное правонарушение по ч. 4 и 5 ст. 7.32 КоАП РФ (постановление АС Уральского округа от 15.07.2015 N Ф09-4884/15). Цена контракта не изменяется. Поставщик может уведомить закзчика письмом об изменении режима налогообложения и на основании данного письма заказчик может выделять сумму НДС при оплате по контракту. (Не совсем уверена. Есть консультации, что можно заключать, т.к. НДС не относится к существенным условиям контракта, например вот: http://zakupki-inform.ru/vopros-otvet-44-fz/v-kontrakte-neverno-ukazali-chto-kontragent-ne-yavlyaetsya-platelshchikom-nds-mozhno-li-zaklyuchit-dopsoglashenie-na-izmenenie-etogo-usloviya-082019.html. Но я сторонник осторожного подхода).