Нужно ли применять ограничение по ПП 1875 при закупке ПО 1С:Предприятие 8, если используется код 62.02.30.000, а не 58.29?

Ограничение устанавливать не нужно. Речь идет не об ограничении, а о запрете.
Действительно, Минфин России в письме от 11 февраля 2025 г. N 24-06-09/12084 высказал позицию о том, что запрет в отношении программного обеспечения применяется не только при осуществлении закупок программного обеспечения, включенного в код 58.29 по ОКПД 2, но и в случаях закупок программного обеспечения, указанного в подпунктах “о” и “с” пункта 4 Постановления № 1875, при которых используются иные коды по ОКПД 2. С данной позицией согласна ФАС России, которая на ВКС 18.03.2025 озвучила аналогичное мнение. Скорее всего эта позиция будет применяться на практике, так как положения ПП 1875 в части признаков ПО, подпадающего под запрет, полностью повторяют нормы ранее действующего ПП 1236, в котором коды ОКПД2 не указывались. Но практики по закупкам ПО с иными кодами ОКПД2, помимо 58.29, я на данный момент не видела.
Однако данная позиция не соответствует формальному прочтению норм ПП 1875, в котором для применения запрета (или ограничения) требуется совпадение с приложением № 1 к ПП 1875 (или приложением № 2 к ПП 1875) наименования товара (работы, услуги) и кода ОКПД2, а для медицинских изделий – еще и кода вида медизделия по НКМИ (подп. “д” п. 4 ПП 1875). В приложении №1 к ПП 1875 в позиции 146 указано: Программа для электронной вычислительной машины и (или) базы данных, код ОКПД2 58.29. Поэтому, на мой взгляд, наиболее правильный вариант – использовать КТРУ 58.29.11.000-00000003 либо 58.29.11.000-00000004, тем более, они обязательны к применению с 26.03.2025 и устанавливать запрет.