Начисление пени и списание

17.05.2023 года нами, бюджетным учреждением, был заключен контракт на выполнение работ по разработке ПСД (проектно-сметной документации) для проведения кап.ремонта зданий Заказчика. Источник финансирования_ целевая субсидия. Сумма контракта 1 093 007,92 руб
Результатом работ является разработанная Подрядчиком и принятая Заказчиком ПСД, прошедшая государственную экспертизу с положительным заключением проверки достоверности определения сметной стоимости капитального ремонта. Срок работ -150 к.д. истек 17.10.2023г. Этапов в контракте не предусмотрено.
05.03.2024 года Подрядчик получил положительное заключение Госэкспертизы и подвесил в ЕИС структурированный документ о приемке.
Подрядчику было выставлено 25.03.2024 года требование об уплате пени в размере 81 611,26 руб. Период просрочки был установлен с 18.10.2023 по 05.03.2024 гг., в том числе срок проведения государственной экспертизы, потому как данная обязанность по условиям контракта возложена на Подрядчика, и в период проведения последней, ему выносились замечания, которые он устранял.
Подрядчик не согласился, возразив на период и порядок начисления пени, указав свой расчет. В процессе подачи пакета документов в Главгосэкспертизу с Подрядчика потребовали предоставить Акт приема-передачи ПСД подписанный сторонами. 05.12.2023 года Акт был подписан. Подрядчик при расчете пени ссылается на этот акт, указав срок просрочки с 18.10.2023 по 05.12.2023г. (пеня составляет 22 734,56руб, что меньше 5% контракта, и просит ее списать на основании п.а ст.3 ПП № 783) .
В чем вопросы:
1.Правомерно ли в данном случае (когда Результатом работ является разработанная Подрядчиком и принятая Заказчиком ПСД, прошедшая государственную экспертизу) начисление пеней на период проведения государственной экспертизы? (Есть практика которая говорит о неправомерности, когда Заказчик за свой счет проводит экспертизу, в нашем случае Подрядчик проводит и предоставляет Заказчику положительную экспертизу)
2.В контракте предусмотрено право Заказчика удержать сумму неустойки из суммы подлежащей оплате за оказанные услуги. Вправе ли Заказчик оплатить всю сумму Подрядчику, не применяя функционал площадки об уменьшении суммы платежа? (Наш учредитель-исполнительный орган, настаивает на полной оплате, чтобы целевые средства на счете не оставались, потому как пени- это доход и он должен отражаться на другом счете. Остаток же целевой субсидии не может быть доходом- это нарушение. И уже после полной оплаты предъявляйте ему пени и если не оплатит, идите в суд). Какая тут наступает тогда ответственность для Заказчика?
3.Если принять за срок нарушения исполнения обязательств по контракту, срок предложенный Подрядчиком- по дату подписания акта, начислить ему пени, что меньше 5% контракта, и ее списать на основании п.а ст.3 ПП № 783, получается оплачиваем 100 % стоимости контракта?