Может ли Заказчик удержать сумму штрафа (неустойки) из обеспечения исполнения контракта?

Может, если право заказчика во внесудебном порядке вычесть сумму подлежащей уплате контрагентом неустойки из суммы обеспечения исполнения контракта предусмотрено заключенным контрактом либо у заказчика есть подтверждение признания контрагентом соответствующего долга. В законе прямого указания на такое право заказчика нет, хотя Минэкономразвития считает правомерными действия заказчика по удержанию суммы неустойки из обеспечения исполнения контракта (см. письма от 31.12.2014 N Д28И-2914 и от 31.12.2014 N Д28И-2915). В письме Минфина России и Федерального казначейства от 25.12.2014 N 02-02-04/67438, 42-7.4-05/5.1-805 указывается, что удержание суммы обеспечения осуществляется в соответствии с условиями контракта.
Возврат суммы обеспечения за вычетом суммы неустойки по сути является зачетом встречных однородных требований (ст. 410 ГК РФ). Зачет как способ прекращения обязательства является односторонней сделкой, для совершения которой необходимы определенные условия: требования должны быть встречными, однородными, а срок исполнения по ним (за исключением случаев, когда он не указан или определен моментом востребования) должен наступить (п. 2 ст. 154, ст. 410 ГК РФ). По ст. 410 ГК РФ для зачета достаточно заявления одной стороны. Одним из критериев онородности требований, принимаемых к зачету, является их бесспорность. Но размер неустойки может быть оспорен, поэтому зачет сумм неустойки может быть признан несоответствующим ст. 410 ГК РФ (см., например, постановление ФАС Волго-Вятского округа от 11.05.2011 по делу N А43-9007/2010).
Однако совершенно точно зачет суммы неустойки, подлежащей уплате, может считаться правомерным в случае признания контрагентом соответствующего долга либо в случае, если такая возможность предусмотрена, например, в виде соответствующего условия в контракте (см., например, постановления Восьмого ААС от 16.12.2014 N 08АП-10345/14, Четвертого ААС от 04.12.2014 N 04АП-5140/14, Пятнадцатого ААС от 17.09.2014 N 15АП-10269/14). В иных случаях нельзя исключить, что удовлетворение заказчиком имеющихся у него требований к контрагенту об уплате неустойки из суммы обеспечения исполнения контракта может быть признано неправомерным.
Тем не менее, существует и судебная практика, исходящая из того, что требования о возврате суммы обеспечения и об уплате неустойки являются однородными, поэтому могут быть (полностью либо частично) прекращены зачетом по заявлению заказчика (п. 7 информационного письма Президиума ВАС РФ от 29.12.2001 N 65, постановления Третьего ААС от 01.08.2014 N 03АП-2849/14 и Восемнадцатого ААС от 08.07.2014 N 18АП-6125/14, АС Северо-Кавказского округа от 13.01.2015 N Ф08-9866/14, Пятнадцатого ААС от 15.01.2015 N 15АП-21743/14, Четвертого ААС от 28.11.2014 N 04АП-5761/14, Четырнадцатого ААС от 04.03.2015 N 14АП-11150/14).
В любом случае, при несогласии с размером начисленной и удержанной заказчиком неустойки контрагент может обратиться в суд с требованием о взыскании излишне удержанной суммы.