Может ли КС быть в составе бухгалтерии?

Да, может. В соответствии с новым Типовым положением (регламентом) о конкрактной службе (приказ Минфина №158н от 31.07.2020) контрактная служба может быть выделена как отдельное структурное подразделение или создана путем утверждения Заказчиком постоянного состава работников Заказчика, выполняющих функции контрактной службы без образования отдельного структурного подразделения. Типовое положение (регламент) №158н не ограничивает право Заказчика создать контрактную службу в составе другого подразделения (например, бухгалтерии). Но, в любом случае, необходимо разработать внутреннее Положение (регламент) о контрактной службе, в котором закрепить, в том числе, каким образом она организована.