Можно ли назначить экспертом лицо, состоящее в штате организации (например, инженер), для проведения экспертизы в соответствии с ч. 3 ст. 94 44-ФЗ?

Можно. В соответствии с ч. 3 ст. 94 Закона № 44-ФЗ для проверки предоставленных поставщиком (подрядчиком, исполнителем) результатов, предусмотренных контрактом, в части их соответствия условиям контракта заказчик обязан провести экспертизу. Экспертиза результатов, предусмотренных контрактом, может проводиться заказчиком своими силами, или к ее проведению могут привлекаться эксперты, экспертные организации на основании контрактов, заключенных в соответствии с данным законом. Если заказчик проводит экспертизу своими силами, то на нее не распространяются требования ст. 41 Закона № 44-ФЗ. в том числе и требования ч. 2 ст. 41 Закона № 44-ФЗ о лицах, которые не могут быть допущены к проведению экспертизы. Закон № 44-ФЗ не устанавливает требований к лицам, проводящим экспертизу силами заказчика.