Единственный поставщик на выполнение работ с казначейским сопровождением

Добрый день, помогите пожалуйста разобраться в ситуации. 44 фз. Заключен контракт с ед.поставщиком на сумму н-р 6000 000,00 на выполнение работ , с казначейским сопровождением. В ЛСР указана сумма без НДС, в СМР указана с НДС, когда заключали не учли этот момент и заключили на сумму с НДС, однако подрядчик работает на УСН и по логике мы должны были заключить контракт без НДС. Как теперь выйти из этой ситуации? ведь подрядчик выполнил работу на 6000 тыс.руб. и не хочет уменьшать сумму контракта на НДС. А выплачивать ему полную сумму это нарушение бюджетного кодекса.