Отдельная компьютерная программа или группа программ, подпрограмм или алгоритмов, которые создают специальные дополнительные возможности для отображения, обработки и/или анализа данных с использованием компьютера для магнитоэнцефалографической системы. Базовый блок прикладных программ и подпрограмм входит в состав системы и может быть обновлен для коррекции ошибок программирования или для расширения возможностей системы. Пакеты прикладных программ обычно обозначают фирменным наименованием, номером версии или обновления. Данное программное обеспечение может быть установлено на встроенный компьютер и/или компьютерную рабочую станцию (например, на высокопроизводительный серийный настольный компьютер).